医院设有消化科、肿瘤科、神经内科、内分泌科、呼吸与危重症医学科、心内二科、心内一科、肾内科、老年医学科、血液科、普外科、骨科、脑外科、心胸外科、泌尿外科、腹腔镜外科研究所、妇产科、儿科、眼科（眼科医院）、耳鼻喉科、口腔科、疼痛科、康复医学科、营养科、重症医学科、检验科、影像中心、药剂科、超声医学科、血透室、麻醉科、病理科、急诊科、皮肤/医学美容科、中医科、针灸科、超声科等临床科室和医技科室。
一、江西省领先学科：眼视光科、糖尿病学科。
二、江西省领先建设学科：肠瘘和肠内营养学科。
三、江西省重点临床专科：心血管病学（介入）、重症医学科。
四、南昌市名科：眼科、代谢内分泌科、骨科、妇产科、心血管内科、心脏外科。
五、江西省省市共建学科：康复医学科、妇产学科、心血管科、口腔学科、心脏外科、血液科、消化内科。
一、优势病种：糖尿病及其各种并发症、甲状腺疾病、甲状腺相关性眼病、内分泌型突眼、骨质疏松、肥胖症、宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、盆底功能障碍性疾病、白血病、再生障碍性贫血、多发性骨髓瘤、血友病、牙体牙髓病、牙周病、口腔粘膜病。
二、优势技术：飞秒角膜移植术、飞秒辅助下白内障手术、老视矫正晶状体置换手术、有晶体眼人工晶体植入术、微切口白内障超乳手术、角膜交联术、微创玻璃体切割术、眼内镜下睫状体光凝术、角膜塑形镜验配、后巩膜加固术、微创青光眼手术、心房颤动射频消融术、卵圆孔未闭封堵术治疗不明原因偏头痛及脑卒中、缓慢心律失常的永久起搏器植入治疗、心力衰竭的多腔起搏治疗、心脏猝死的自动心脏除颤复律起搏器(ICD)治疗、风湿性/先天性瓣膜狭窄球囊扩张术、主动脉内球囊反搏术（IABP）支持治疗、显微椎间盘镜微创技术、寰枢椎骨折脱位并高位截瘫颈椎前后路减压内固定手术、经腹膜外腰椎结核病灶清除、钛网植入椎体置换术、特发性脊椎侧弯矫形术+钉棒内固定术、关节置换术、腹腔镜下盆/腹腔淋巴结清扫及广泛性全子宫切除、阴式全子宫切除、腹腔镜下子宫腹直肌悬吊、危重疑难瓣膜置换或成形术、冠心病冠脉搭桥术、造血干细胞移植、唇腭裂修复术、拔牙、外伤清创缝合骨折内固定、腮腺肿瘤的切除、各种儿童早期早期预防和阻断性矫治、先进固定矫治技术、功能矫形治疗、活动矫治。
